1963 yılında meydana gelen büyük Üsküp depremi, şehirdeki yapıları ve insanların yaşamını derinden etkilemiş olsa da, tarihi kalenin yapısına doğrudan bir zarar vermemiştir. Ancak, bu felaket sonrası şehrin yeniden inşası süreci, kalenin çevresindeki alanların da yeniden değerlendirilmesine neden olmuştur. Yeniden inşa çalışmaları sırasında, kalenin etrafındaki alanların mimari ve sosyal yapıları göz önünde bulundurularak çeşitli projeler geliştirilmiştir.

1963 Üsküp depremi, kaleye doğrudan bir etki yapmamıştır. Ancak, deprem sonrası Üsküp'ün yeniden inşası sürecinde, 1963 depremi anılarını canlı tutmak için "1963 Depremi Anıtı" gibi yapılar inşa edilmiştir. 1963 depremi, Üsküp'te büyük yıkıma yol açmış ve şehrin yaklaşık %80'i yıkılmıştır. Deprem sonrası, 80'e yakın ülkenin katılımıyla şehir, "Dayanışma Şehri" olarak yeniden inşa edilmiştir. Bu süreçte, Japon mimar Kenzo Tange'nin de içinde bulunduğu bir uluslararası ana plan yarışması düzenlenmiştir. Kalenin, 1963 depreminden doğrudan etkilendiğine dair herhangi bir bilgi bulunmamaktadır.