Alparslan'ın türbesi, tarih boyunca birçok tartışmaya ve araştırmaya konu olmuştur. Büyük Selçuklu Devleti'nin önemli hükümdarlarından biri olan Sultan Alparslan'ın mezarının yeri, farklı coğrafi bölgelerdeki kaynaklardan yola çıkarak belirlenmeye çalışılmaktadır. Merv ve Isfahan gibi yerler, bu önemli şahsiyetin anısına ev sahipliği yapma iddiasında bulunmaktadır. Ancak kesin bir bilgi ve bilimsel kanıt mevcut değildir.

Büyük Selçuklu Devleti hükümdarı Sultan Alparslan'ın türbesinin bulunduğu yer konusunda farklı görüşler bulunmaktadır:

• Merv, Türkmenistan. Selçuklu Sultanı Alparslan'ın türbesini ortaya çıkarmaya yönelik Türkmenistan'ın Merv kentinde Türkiye İşbirliği ve Koordinasyon Ajansı Başkanlığı (TİKA) tarafından yürütülen kazılarda, Selçuklu Dönemi çinileri ve kitabe bulunmuştur. Kazı eş başkanlarından Prof. Dr. Osman Eravşar, Ortaçağ kaynaklarının Alparslan'ın bir cuma camisine defnedildiğini belirttiğini, Merv'de üç cuma camisi olduğunu ve bunlardan birinin Macan Cuma Camii olduğunu ifade etmiştir.
• Isfahan, İran. İranlı araştırmacı ve tarihçi Metin Rızayi, Sultan Alparslan'ın türbesinin İran sınırları içindeki Isfahan eyaletinde olabileceğini iddia etmiştir.

Türbenin yeri konusunda bilimsel bir kanıt bulunmamaktadır.