Anafarta Tuzla Gölü, yaz aylarında su seviyesini kaybetmesinin ardında doğal etkenler yatmaktadır. Bu göl, çevresindeki akarsuların yaz mevsiminde azalması ve iklim koşullarının etkisiyle beslenemez hale gelir. Kum seddinin etkisiyle oluşan bu durum, gölün ekosistem dengesini de etkileyerek kuruma sürecini hızlandırır.

Anafarta Tuzla Gölü'nün yaz aylarında kurumasının nedeni, gölün beslendiği akarsuların yaz mevsiminde kurumasıdır. Yüzyıllar boyunca rüzgârın ve dalgaların hareketiyle yığılan kumlar, Anafarta Limanı’nın orta bölümünde bir set oluşturmuş ve limanı ikiye bölmüştür. Kum seddinin arkasında kalan bölümde oluşan kıyı gölü, Küçük Anafarta Ovası’nı çevreleyen tepelerden gelen akarsuların gölü yeterince besleyememesi nedeniyle yaz aylarında kurur.